قد يكون سبب الأنيميا ليس في نقص الحديد في الوجبات الغذائية ، ولكن في امتصاص الحديد في الجهاز الهضمي ، حيث أن امتصاص الحديد ليس بالأمر السهل ، فحمض المعدة يسهل فصل الحديد الغير عضوي الموجود في الوجبات الغذائية مع حمض الأسكوربك والسكاكر والأحماض الأمينية والصفراء ،هذه المركبات ذات الجزيئات الكبيرة تظل ذائبة في تجويف الإثنى عشري والصائم ( جزء من الأمعاء الدقيقة) اللذان يتمتعان بوسط أكثر قلوبة ، الحديد الذي يتم تناوله في الوجبات الغذائية للفرد في العالم الغربي يتراوح من 15-25 مجم في اليوم ، بيد أن الحديد الذي يتم امتصاصه يتراوح من 0.5-1 مجم يومياً بالنسبة للرجال ، أما بالنسبة للنساء فيتراوح من 1-2 مجم يومياً وذلك في سنوات التكاثر وهي السنوات التي تتواجد فيها الدورة الشهرية.
الآلية المنظمة لامتصاص الحديد الغير عضوي يبدو أنها موجودة داخل الغشاء المخاطي للأمعاء الدقيقة ، يتم نقل الحديد بطريقة نشطة ، ويمثل الإثنى عشري الموضع الأساسي لامتصاص الحديد ، إمتصاص الحديد المعدني في البشر والحيوانات يتضمن على الأقل خطوتين منفصلتين ،الخطوة الأولى هي التقاط الحديد بواسطة خلايا الغشاء المخاطي من تجويف الأمعاء ، أما الخطوة الثانية فهي نقل الحديد من خلايا الغشاء المخاطي المعوي إلى البلازما. المزيد من الحديد الذي يدخل خلايا الغشاء المخاطي المعوي لا يتم نقله إلى البلازما ، لكنه يظل محصورا داخل الخلايا ، ويتم إخراجه إلى التجويف المعوي عندما يتم انفصال هذه الخلايا ، الحديد الذي يتم فقده بواسطة هذه الآلية يبدو أنه يتناسب عكسيا مع مخزونات الجسم من الحديد .على الرغم من ذلك فإن الآلية التنظيمية للغشاء المخاطي من الممكن أن يتم التغلب عليها عندما يتم تناول جرعات دوائية من الحديد . حديد الهيموجلوبين يتم امتصاصه أيضا في أمعاء الإنسان تبعا لاحتياجات الجسم من الحديد ،الهيم يتم أنفصاله عن الجلوبين في تجويف الأمعاء ، ويتم امتصاصه كمادة ميتالوبورفيرين سليمة . الحديد العضوي في صورة هيموجلوبين يتم امتصاصه بصورة أكثر فعالية عن الحديد الموجود في الحبوب والخضروات. إمتصاص الحديد الغير عضوي يزداد بواسطة حمض الأسكوربك ،وبصفة مماثلة فإن وجود الأنيميا أو تليف الكبد أو الحمل أو السكر البرونزي غير معلوم السبب ، أو وجود تحويلة بين الوريد البابي والوريد الأجوف السفلي ، كل ذلك يؤدي إلى زيادة امتصاص الحديد ،وعلى النقيض فإن تناول كميات كبيرة من الحديد مع وجود مواد مثل الفوسفات أوالكربونات أوالفيتات في تجويف الأمعاء يؤدي إلى نقص امتصاص الحديد الغير عضوي ، أيضا فإن نقص امتصاص الحديد يحدث بشكل متكرر في أمراض معينة مثل ذرب المناطق الغير حارة الذي يصيب الغشاء المخاطي للإثنى عشري .