يرجع تسمية المحافظة إلى إعلان الرئيس المصري الراحل جمال عبد الناصر عام 1958م البدء في إنشاء واد مواز لوادي النيل يخترق الصحراء الغربية لتعميرها وزراعتها على مياه العيون والآبار بهدف تخفيف التكدس السكاني في وادي النيل، وكانت تسمى قبل ذلك محافظة الجنوب.
في يوم 3 أكتوبر سنة 1959 وصلت أول قافلة للتعمير والاستصلاح بالوادي الجديد وتم اعتبار ذلك اليوم عيدا قوميا تحتفل به المحافظة كل عام. وفي العام 1961 أنشئت محافظة الوادي الجديد ضمن التقسيم الإداري لمحافظات الجمهورية وكانت تتكون من مركزيين إداريين هما مركز الخارجة ومركز الداخلة، وفي 1992 تحولت الفرافرة إلى مركز إداري ليصبح للمحافظة ثلاث مراكز إدارية اما الآن فقد تحول مركز باريس ومركز بلاط إلى مركزين إداري أيضا وبالتالي أصبح للمحافظة خمسة مراكز إدارية.
الا أنه في الوقت الذي تسعي فيه الدولة بكل إمكانياتها وخبراتها إلي تعظيم الإنتاج الزراعي لمواجهة الزيادة المطردة في عدد السكان , نجد البعض لا يهتم إلا بالمباني والهياكل الخرسانية التي تشوه الطبيعة وتقتلع عمدا مع سبق الإصرار والترصد كل بهجة للعين وشذي للأنف..
محافظة الوادي الجديد التي كانت في عصر الرومان مخزنا للغلال وشهدت منذ ثورة يوليو محاولات عدة لتوسيع رقعتها الزراعية , تقدم حالياً علي خطوة خطرة وهي نقل محطة البحوث الزراعية بمدينة الخارجة بعيداً عما تزعم أنه كتلة سكنية .. فهل اكتشفت المحافظة فجأة بعد عشرات السنين أن المحطة تقع داخل الحيز العمراني الأمر الذي يؤثر عل المباني نتيجة الصرف الزراعي الناتج عنها مما يشكل خطراً علي المباني .. ذريعة غريبة فالمحطة هي الركيزة الأساسية لاستخدام التكنولوجيا في الزراعة وتطوير إنتاج المحاصيل المختلفة سواء الفاكهة أو الحبوب والخضروات.. المحافظة تتدعي أن المحطة ليست مستغلة الاستغلال الأمثل .. كان يجب قبل أن يتوصل المسئولون لهذا القرار تشكيل لجنة من خبراء زراعيين من جامعات مختلفة ليكون القرار مبني علي دراسة بحثية..
محطة البحوث الزراعية هي واحدة من المحطات القليلة التي مازالت تطبق أحدث البرامج العلمية للبحوث التطبيقية والإرشادية والتدريبية بالمحافظة وذلك تنفيذا لطلبات المعاهد والمعامل البحثية المختلفة ونقل التكنولوجيا الحديثة للمزارعين للارتقاء بجودة المحاصيل ووفرتها وذلك أسوة بجميع محطات البحوث الزراعية في مختلف أنحاء البلاد من توشكي جنوبا إلي الإسكندرية والبحيرة شمالاً ..
أهمية محطة البحوث الزراعية للمحافظة أن الوادي الجديد يمثل 43% من إجمالي مساحة الجمهورية أي ما يقرب من نصف مساحة مصر .. هذا المركز العلمي أنشأ بالقرار الجمهوري رقم 510 لعام 1985 أي منذ 35 عاما وكان تابعا آنذاك لمؤسسة تعمير الصحاري ثم نقلت تبعيته إلي مركز البحوث الزراعية في نفس القرار .. ومنذ ذلك الحين والمحطة تقدم كل جديد في مجال التكنولوجيا الزراعية للمزارعين والباحثين ومصانع الأغذية..
مساحة المحطة الإجمالية 89 فدانا شاملة المنشآت والطرق والمصارف والمباني والجراجات بالإضافة لعمارة سكنية للباحثين..
أما إمدادات المياه فتحصل عليها المحطة من زمام بئر الخارجة بنسبة 3% فقط والباقي مخصص للسكان وأهالي المناطق المجاورة..
المحطة ساهمت بزيادة المساحة المنزرعة من 35 ألف فدان عام 1985 إلي أكثر من 400 ألف فدان في الوقت الراهن .. بالإضافة إلي أن المحافظة تروج لمفهوم خاطئ وهو أن الصرف الزراعي ناتج عن محطة البحوث الزراعية فقط , بينما هو في حقيقة الأمر مصارف عمومية تخدم منطقة الخارجة بالكامل.
وتجدر الإشارة هنا إلي أن جميع مساكن ومنشآت مدينة الخارجة ملاصق لها في ذات الوقت مزارع محاصيل ونخيل خاصة بمئات الأفدنة.. كما أن هناك مباني ومنشآت سكنية واستراحات خاصة لجهات تنفيذية عليا , فهل تهدف المحافظة للقضاء علي كل تلك الزراعات والنخيل بدعوي تأثير الصرف الزراعي علي المباني والمنشآت .. بينما الحقيقة أن الخطة تهدف إلي إنشاء مشروعات تنموية واستثمارية وأبراج وفندق..
محطة البحوث الزراعية تخدم واحات الداخلة والخارجة والفرافرة وشرق العوينات والتي تمثل كما قلت 43% من مساحة مصر فهل نهدر هذا كله في وقت نحتاج فيه إلي كل نخلة وزرعة وحبة! هل يضيع مستقبل 30 باحثا و1200 موظف وآلاف الأفدنة اتساقا مع قرار ظاهره الرحمة وباطنه العذاب.
علي السيد الدكتور رئيس الحكومة ووزير الزراعة الإسراع بوقف هذا القرار وفي الوقت ذاته معرفة أن النقل مكلف للدولة لأنه يستلزم حفر آبار مياه عميقة وبناء مباني جديدة بالإضافة إلي عملية استصلاح التربة في المكان الجديد كما أن بها أهم محطة للأرصاد الزراعية تتبع وزارة الطيران ومعتمدة دولياً ولها حرم حولها ولا يمكن البناء بجوارها فكيف ستعمل تنبؤات الرصد الزراعي بعد نقل المحطة .. قليل من التريث والتروي قبل الإقدام علي القرارات المصيرية.
لقد سعت محافظة الوادى الجديد مرات عديدة من قبل للاستيلاء على أراضى المحطة البحثية الزراعية كان اخرها إبان فترة وزير الزراعة السابق الدكتور عز الدين أبوستيت، الذى رفض الموضوع رفضا قاطعا، وتحاول المحافظة مرة اخرى تجديد الطلب لمجلس الوزراء الحالي مدعية حجج جميعها غير صحيح.
أن خطة المحافظة لبيع ارض محطة البحوث الزراعية بالمتر لانشاء مجمع سكني ربما تدر سيولة ولكنها ستدمر الزراعة وابحاثها سنواتا طوالا.